Wyjaśnienia są pewnie dwa: 1. ten mod gryzie się z którymś innym, na co niewiele poradzisz - chyba, że będziesz robił test, dodając po jednym; 2. mod zmienia któreś z istniejących tub, powodując wytworzenie dużej ilości entity albo jakiegoś błędu, który generuję masę obliczeń.
Może spróbuj usunąć wszystkie, istniejące w świecie tuby buildcraftowe i inne, i wtedy dodaj mod? Czy w świecie stworzonym od zera też masz te lagi?